Les régimes dérogatoires de report et d’indemnisation des droits à congé annuel dans la fonction publique

Quels textes sont modifiés par la nouvelle réglementation ?

Le décret du 21 juin 2025, précité, modifie, notamment :

Le décret n° 84-972 du 26 octobre 1984, relatif aux congés annuels des fonctionnaires de l’Etat ;
Le décret n° 2002-1200 du 26 septembre 2002, fixant le régime de congés annuels des personnels de l’Etat et des établissements publics de l’Etat à caractère administratif en service à l’étranger ;
Le décret n° 85-1250 du 26 novembre 1985, relatif aux congés annuels des fonctionnaires territoriaux ;
Et le décret n° 2002-8 du 4 janvier 2002 relatif aux congés annuels des agents des établissements mentionnés à l’article L. 5 du code général de la fonction publique (établissements publics de santé, …).

Ces quatre textes, avant leur modification, posent le principe suivant : un congé annuel dû pour une année de service accompli ne peut se reporter sur l’année suivante, sauf autorisation exceptionnelle donnée par le chef de service. Et, un congé non pris ne donne lieu à aucune indemnité compensatrice.

Ce principe avait été remis en cause en 2011, notamment sur le fondement d’une directive européenne, et plus récemment en 2012, dans un arrêt du Conseil d’État. Il a fait l’objet récemment de différentes précisions de la part de l’administration, portant notamment sur la période de report autorisée (2). Mais aucune disposition formelle ne venait modifier la réglementation jusqu’à l’entrée en application du décret du 21 juin 2025, précité.

Quelles règles s’appliquent en matière de report de congé annuels ?

Ainsi, le décret du 21 juin 2025, précité, définit les modalités d’assiette et de calcul de l’indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail.

Plus précisément, afin de conformer les dispositions statutaires au droit européen, deux régimes dérogatoires permettent le report des droits à congés annuels non pris en raison d’un congé pour raison de santé ou d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales, et l’indemnisation des congés non utilisés à la fin de la relation de travail :

droit au report des congés annuels non pris au cours de l’année de référence en raison d’un congé de maladie ou d’un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales (congé de maternité, d’adoption, parental, de proche aidant, notamment) :
période de report de quinze mois, prolongeable sur autorisation exceptionnelle de l’autorité administrative ;
report limité aux quatre premières semaines de congé annuel par période de référence, sauf si ce report est dû à un congé lié aux responsabilités parentales ou familiales.
droit à l’indemnisation des congés annuels non pris avant la fin de la relation de travail :
indemnisation limitée aux quatre premières semaines de congé annuel par période de référence, sauf en cas de congé lié aux responsabilités parentales ou familiales ;
modalités de calcul et assiette de l’indemnité fixées par des arrêtés du 21 juin 2025 [ un arrêté propre à chaque versant de la fonction publique] (3) ;

Ces règles sont également applicables aux agents contractuels de droit public (4).

Comment est calculée l’indemnisation des congés annuels non pris ?

Conformément aux arrêtés du 21 juin 2025, précités, l’indemnité compensatrice de congé annuel non pris en fin de relation de travail est calculée comme suit :

« indemnité d’un jour de congé annuel non pris = rémunération mensuelle brute X 12/ 250 »
La rémunération mensuelle brute prise en compte pour le calcul de l’indemnité compensatrice de congé annuel non pris en fin de relation de travail correspond à la dernière rémunération versée au titre de l’exercice effectif des fonctions sur un mois d’exercice complet. Le cas échéant, cette rémunération tient compte des évolutions de la situation statutaire ou indemnitaire de l’agent qui sont intervenues entre la dernière date d’exercice effectif des fonctions et la date de fin de relation de travail.
Elle intègre le traitement indiciaire, l’indemnité de résidence, le supplément familial de traitement et les primes et indemnités instituées par une disposition législative ou réglementaire, à l’exception des primes et indemnités suivantes :

les versements exceptionnels ou occasionnels, notamment liés à l’appréciation individuelle ou collective de la manière de servir ;
les primes et indemnités qui ont le caractère de remboursement de frais ;
les participations au financement des garanties de la protection sociale complémentaire ;
les versements exceptionnels ou occasionnels liés aux indemnités relatives aux primo-affectations, aux mobilités et aux restructurations, ainsi que toutes autres indemnités de même nature ;
les majorations et indexations liées à une affectation outre-mer, lorsque leur versement est interrompu avant la fin de la relation de travail (5) ;
l’indemnité de résidence à l’étranger lorsque son versement est interrompu avant la fin de la relation de travail ;
les indemnités versées au titre d’une activité accessoire ainsi que les autres indemnités non directement liées à l’emploi ;
les versements exceptionnels ou occasionnels de primes et indemnités correspondant à un fait générateur unique (participation à l’organisation d’élections, par exemple) ;
les indemnités liées à l’organisation du travail et au dépassement effectif du cycle de travail. Par dérogation, les indemnités pour heures supplémentaires annualisées sont incluses dans l’assiette de la rémunération brute.

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Quelles sont les dates d’entrée en application des nouvelles dispositions ?

Ces dispositions sont entrées en vigueur le lendemain de la publication du décret du 21 juin 2025, précité, soit le 23 juin 2025. Pour le report de congé annuel du fait d’un congé lié aux responsabilités familiales ou parentales, les dispositions du présent décret sont applicables aux situations individuelles pour lesquelles un droit au report peut être constaté du fait d’un congé dont l’échéance est postérieure à la date d’entrée en vigueur de la loi n° 2024-364 du 22 avril 2024, portant diverses dispositions d’adaptation au droit de l’Union européenne en matière d’économie, de finances, de transition écologique, de droit pénal, de droit social et en matière agricole, soit le 24 avril 2024 (6).

Enfin, le décret du 21 juin 2025, précité, modifie les décrets relatifs aux congés annuels propres à chaque versant de la fonction publique afin de tenir compte de la codification du statut de la fonction publique (7).

Références :

Décret n° 2025-564 du 21 juin 2025, relatif aux régimes dérogatoires de report et d’indemnisation des droits à congé annuel dans la fonction publique, publié au Journal officiel du 22 juin 2025 ;
Lire, sur ce site : « Fonction publique : Le report des congés annuels du fait de la maladie », publié le 18 janvier 2016, mis à jour le 11 mars 2021 ; voir aussi : Conseil d’État, 20 décembre 2013, requête n° 362940 ;
Arrêté du 21 juin 2025, relatif aux modalités d’assiette et de calcul de l’indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique de l’Etat -NOR : APFF2513077A ; arrêté du 21 juin 2025, relatif aux modalités d’assiette et de calcul de l’indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique territoriale -NOR : ATDB2513853A ; et arrêté du 21 juin 2025, relatif aux modalités d’assiette et de calcul de l’indemnité compensatrice pour congé annuel non pris en fin de relation de travail dans la fonction publique hospitalière -NOR : TSSH2515133A, publiés au Journal officiel du 22 juin 2025 ;
Modification des décrets suivants :
- Décret n° 86-83 du 17 janvier 1986, relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de l’Etat (article 10) ;
- Décret n° 88-145 du 15 février 1988, relatif aux agents contractuels de la fonction publique territoriale (article 5) ;
- Décret n° 91-155 du 6 février 1991, relatif aux dispositions générales applicables aux agents contractuels de la fonction publique hospitalière (article 8) ;
Ne concerne que les agents de la fonction publique de l’Etat et ceux de la fonction publique hospitalière ;
Article 11 du décret du 21 juin 2025, précité ;
Articles 8 à 10 du décret du 21 juin 2025, précité.