Le crédit d’impôt recherche : principes et dernières évolutions législatives

Le crédit d'impôt recherche est le crédit d'impôt le plus connu et le plus médiatisé avec le CICE (crédit d'impôt compétitivité emploi). L'ampleur du niveau de l'avantage qu'il procure aux entreprises a d'ailleurs plusieurs fois été critiquée par la Cour des comptes. En effet, le crédit d'impôt recherche (CIR) offre aux entreprises présentent sur le territoire national, une "ristourne" d'impôt sur les bénéfices à hauteur de 30% des dépenses consacrées à la recherche et au développement (5% au-delà de 100 millions €).

Crédit d'impôt sur la recherche
Crédit d'impôt sur la recherche

Ce régime, l’un des plus avantageux au monde a incité de nombreuses multinationales à ouvrir un service R&D en France. Les PME bénéficient en outre, d’un crédit d’impôt innovation (CII). La législation du CIR est néanmoins assez complexe, notamment sur la définition même de ce que représente la R&D. Les nombreux contrôles fiscaux et redressements à ce sujet ont poussé le législateur à mettre en place ces dernières années des mesures permettant aux entreprises de s’assurer de l’éligibilité de leur projet au CIR.

Entreprises éligibles au CIR

Peuvent bénéficier du CIR, les entreprises industrielles, commerciales, artisanales ou agricoles imposées selon un régime réel dans la catégorie des BIC ou a l’impôt sur les sociétés.

Les entreprises soumises à un régime « micro » ne peuvent en revanche bénéficier de ce dispositif.

Les associations exerçant une activité lucrative et soumises aux impôts commerciaux (dont l’IS) peuvent également en bénéficier.

Les activités de R&D éligibles

Les 3 types d’activités éligibles

Ouvrent droit au CIR, les opérations de recherche relevant d’au moins une des 3 catégories suivantes :

ActivitésContenu
Recherche fondamentaleAcquisition de connaissances nouvelles (contribution théorique ou expérimentale)
Recherche appliquéeAcquisition de connaissances nouvelles dans un domaine d’application
Développement expérimentalActivité permettant de réunir les éléments techniques nécessaires :

  • à la mise au point de nouveaux matériaux, produits ou dispositifs
  • l’établissement de nouveaux procédés, systèmes ou services
  • l’amélioration substantielle de ceux qui existent déjà.

Cette activité débouche sur la conception de prototypes ou d’installations pilotes expérimentaux.

Ces activités de R&D doivent être distinguées au sein de l’ensemble des activités d’innovation. La R&D n’est en effet qu’un sous-ensemble de l’innovation. C’est également la partie la plus incertaine et la plus risquée.

À la différence du reste des activités d’innovation, un projet de R&D combine un élément de nouveauté non négligeable avec la dissipation d’une incertitude scientifique et/ou technique. À l’intérieur de ce projet, seuls les sous-projets pour lesquels il est nécessaire de lever un verrou scientifique ou technologique constituent des projets éligibles au CIR.

Pour savoir si un projet est éligible ou non, l’entreprise doit procéder aux 3 étapes suivantes :

ÉtapesContenu
1ère étapeL’entreprise doit répondre à la question suivante : pour chaque sous-projet rencontre-t-elle des difficultés d’ordre scientifique ou technique pour mener à bien sa réalisation ?

En cas de réponse négative, le projet n’est pas éligible, dans le cas contraire, il faut passer à la 2nde étape.

2nde étapeL’entreprise doit répondre à la question suivante : l’état de l’art (c’est-à-dire les connaissances accessibles) permet-il de résoudre les difficultés identifiées ?

En cas de réponse positive, le projet n’est pas éligible.

3ème étapeSi la seconde étape débouche sur une réponse négative, l’entreprise doit ensuite identifier, formuler les connaissances manquantes et préciser de manière suffisante les incertitudes et verrous scientifiques ou techniques bloquant la réalisation du projet.

Le guide du crédit d’impôt recherche, disponible sur le site http://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr propose une démarche d’identification des activités de R&D consistant à répondre à une série de questions.

La difficulté est de prouver à postériori l’existence d’une activité de R&D. La preuve (ou commencement de preuve) peut notamment être constituée par les éléments suivants : dépôt d’un brevet, le sujet de l’activité a fait l’objet d’une thèse d’un doctorant, des publications ou présentations scientifiques ont été faites à l’issue du projet, etc.

 L’assiette du CIR

Les dépenses exclusivement affectées aux opérations de recherche dans le cadre d’un projet individualisé entrent dans la base de calcul du CIR. Les dépenses de personnel représentent en moyenne 50% de l’assiette.

Dépenses

Observations

Dotations aux amortissements fiscalement déductiblesImmobilisations affectées directement à la réalisation des opérations de recherche (biens meubles, biens immeubles acquis à compter du 1er janvier 1991).

Les biens pris en crédit-bail affectés aux opérations de recherche sont également éligibles pour le montant des dotations pratiquées par l’établissement de crédit-bail propriétaire.

Dépenses de personnelRémunérations et cotisations sociales obligatoires des chercheurs et techniciens de recherche affectés exclusivement aux opérations de recherche.

Les dépenses de personnel se rapportant à des doctorants sont prises en compte pour le double de leur montant pendant les 24 premiers mois suivant leur premier recrutement  à condition :

  • qu’il soit embauché sous CDI
  • et que l’effectif du personnel de recherche salarié de l’entreprise ne soit pas inférieur à celui de l’année précédente.
Autres dépenses de fonctionnementElles sont fixées forfaitairement, sans justificatif nécessaire pour la valeur suivante :

  • 50% des dépenses de personnel et 200% des dépenses de personnel en jeune doctorant (uniquement les 24 premiers mois)
  • 75% des dotations aux amortissements retenues dans la base de calcul du CIR.
Dépenses de sous-traitancePour les dépenses de sous-traitance de R&D, 2 situations sont à distinguer :

1) Les dépenses de recherche confiées à des fondations d’utilité publique ou des établissements d’enseignement supérieur ou des organismes de recherche publics sont retenues pour le double de leur montant pour la détermination de la base du CIR.

Plafond = 12 millions €

2) Les dépenses de recherche confiées à des organismes de recherche privés agréés sont retenues pour leur montant réel.

Plafond = 10 millions €

Dans les deux cas, le plafond est ramené à 2 millions € s’il existe un lien de dépendance entre les deux entreprises.

Dépenses relatives à la protection de la propriété industrielleEntrent dans la base de calcul du CIR :

  • les dotations aux amortissements des brevets ou des certificats d’obtention végétale (COV) acquis en vue de réaliser des opérations de R&D
  • les frais de dépôt et de maintenance des brevets et des COV
  • les frais de défense des brevets et des COV (actions en contrefaçon notamment)
  • les frais d’assurance des brevets et des COV dans la limite de 60.000 € par an.
Dépenses de normalisationCertaines dépenses relatives à la normalisation sont prises en compte dans le calcul de l’assiette du CIR :

  • les salaires et charges sociales relatives aux réunions de normalisation
  • les autres dépenses liées à la normalisation sont évaluées forfaitairement à 30 % des salaires et cotisations visées au tiret précédent
  • les dépenses exposées par l’exploitant individuel ou les mandataires sociaux d’une société, liées à la participation à des réunions officielles de normalisation à raison d’un forfait journalier de 450 € par jour de présence aux réunions.
Dépenses de veille technologiqueDépenses d’abonnements à des revues scientifiques, de participation à des congrès scientifiques dans la limite de 60.000 € par an.

En revanche, doivent être retranchées du montant de l’assiette du CIR :

  • les subventions publiques ou avances remboursables reçues à raison d’opérations ouvrant droit au CIR
  • les dépenses exposées au titre des prestations de conseil relatives au CIR.

Calcul du CIR

Le crédit d’impôt recherche s’élève :

  • à 30 % de la fraction des dépenses de recherche inférieure ou égale à 100 millions €
  • à 5 % de la fraction de ces mêmes dépenses supérieure à 100 millions €.

Depuis le 1er janvier 2015, dans les exploitations situées dans un département d’outre-mer (DOM), le taux du CIR est fixé à 50% pour les dépenses de recherche pour la fraction qui n’excède pas 100 millions € et 5% au-delà.

Imputation du CIR

Dans le cas général, le crédit d’impôt recherche (CIR) est imputé sur l’impôt sur les bénéfices (impôt sur le revenu ou impôt sur les sociétés) dû par l’entreprise au titre de l’année au cours de laquelle les dépenses de recherche ont eu lieu.

En cas d’excédent du CIR sur le montant de l’impôt, le solde non imputé peut être utilisé pour le paiement de l’impôt dû au titre des 3 années suivantes. Au bout de 3 ans, la créance est remboursable par l’État.

Dans les cas suivants, l’excédent de CIR est remboursé directement par l’État :

  • les entreprises répondant à la définition de PME communautaire (effectif inférieur à 250 salariés et chiffre d’affaires inférieur à 50 millions € ou total du bilan inférieur à 43 millions €)
  • les entreprises en difficulté (procédure de sauvegarde, redressement ou liquidation judiciaire)
  • les entreprises nouvelles pendant 5 ans
  • les jeunes entreprises innovantes (JEI) pendant toute la période où elles bénéficient de ce statut
  • les entreprises de moins de 2 ans.

Pour obtenir le remboursement immédiat de son CIR, la société intéressée doit s’adresser au service des impôts aux entreprises (SIE) dont elle dépend.

La créance de CIR peut être mobilisée auprès d’un établissement de crédit, en complétant la déclaration n°2574-SD. Ce dispositif de préfinancement permet aux entreprises de bénéficier de la trésorerie relative au CIR, l’année où les dépenses sont engagées, sans avoir à attendre son remboursement, l’année suivante.

Le crédit d’impôt innovation

Pour les dépenses exposées à compter du 1er janvier 2013, les PME au sens communautaire (effectif inférieur à 250 salariés et chiffre d’affaires qui n’excède pas 50 millions € ou total du bilan qui n’excède pas 43 millions €) peuvent bénéficier d’un crédit d’impôt « innovation ». Il s’élève à 20% des dépenses relatives à la réalisation d’opérations de conception de prototypes ou installations pilotes de nouveaux produits.

Les dépenses à prendre en compte sont celles se rapportant à cette activité d’innovation et non déjà prises en comptes pour le calcul du CIR. Les règles de calcul de l’assiette sont proches de celles du crédit d’impôt recherche (dotations aux amortissements, dépenses de personnel, autres dépenses de fonctionnement fixées forfaitairement à 75% des dotations aux amortissements et 50% des dépenses de personnel, etc.).

Les dépenses éligibles au crédit d’impôt innovation entrent dans la base de calcul dans la limite globale de 400.000 € par an.

Mesures en faveur d’une sécurisation du CIR et du CII

Les sociétés souhaitant s’assurer de l’éligibilité d’un projet au CIR peuvent désormais déposer un rescrit qui engage la responsabilité de l’administration. Les PME peuvent même se voir valider une assiette minimale de cet avantage fiscal. Enfin, un comité consultatif a été créé afin de résoudre les litiges fiscaux sur le CIR entre l’administration fiscale et les entreprises.

Rescrit d’éligibilité (article L. 80 B-3° du LPF)Depuis le 1er janvier 2013, toutes les entreprises peuvent déposer un rescrit afin de bénéficier de l’accord préalable de l’administration fiscale pour s’assurer qu’un projet de recherche est éligible au crédit d’impôt recherche (CIR) ou au crédit d’impôt innovation (CII).

L’absence de réponse de l’administration dans les 3 mois du dépôt de la demande vaut accord tacite d’éligibilité du projet au CIR.

Rescrit de validation d’une assiette planchée de CIRDepuis le 1er septembre 2015, les PME peuvent obtenir en plus un rescrit de l’administration permettant de valider un montant plancher de leur future créance de CIR.

Sont des PME au sens de cette disposition, les entreprises dont le chiffre d’affaires :

  • n’excède pas 1.500.000 € pour les entreprises dont le commerce principal est la vente de marchandises, d’objets, de fournitures et de denrées à emporter ou à consommer sur place ou la fourniture de logement,
  • n’excède pas 450.000 € pour les autres entreprises.

Le rescrit présenté par la PME doit être réalisé corrélativement à la demande d’appréciation de l’éligibilité du programme au CIR et selon un modèle défini par l’administration fiscale. Ce rescrit ne concerne pas le CII.

Le montant des dépenses validé est opposable à l’administration et doit être déposé au moins 6 mois avant la date limite de transmission de la déclaration de CIR.

Comité consultatif pour le CIRMalgré les nouveaux dispositifs de rescrit présentés ci-dessus, les litiges relatifs au montant ou à l’éligibilité du projet au CIR ou CII sont nombreux.

Cette situation s’explique largement par le pouvoir d’interprétation important dont dispose l’administration sur l’existence ou non d’un projet de recherche.

Pour atténuer le nombre de litiges, l’article 46 de la loi de finances rectificative pour 2015 a mis en place un comité consultatif relatif au CIR et au CII. Il est chargé d’émettre un avis en cas de désaccord entre l’administration et le contribuable sur l’existence de dépenses de recherche éligibles au CIR ou CII.

Le comité consultatif peut être saisi par l’administration ou les contribuables pour les propositions de rectification adressées depuis le 1er juillet 2016.

Obligations déclaratives

Le CIR ou le CII nécessite le dépôt de la déclaration n°2069-A-SD à la fois :

  • à l’administration fiscale (SIE compétent ou DGE)
  • au MENESER (Ministère de l’Éducation nationale, de l’Enseignement supérieur et de la Recherche). Le dépôt à ce ministère est inutile en cas de télédéclaration de cet imprimé (transmission automatique au ministère).

Pour les sociétés soumises à l’impôt sur les sociétés (IS), cet imprimé doit être déposé en même temps que le solde de l’IS (15 mai N+1 pour les sociétés qui clôturent au 31 décembre N).

Pour les entreprises dont le bénéfice est imposable à l’impôt sur le revenu, la déclaration n°2069-A-SD doit être déposée en même temps que la déclaration de résultats. Pour les clôtures en 2016, la date limite de dépôt est fixée au 18 mai 2017.

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