Arrêts maladie, congés, heures sup’ : votre check-list RH d’octobre 2025

Comprendre les conséquences sur le service RH des arrêts de septembre 2025

Les arrêts rendus par la Cour de cassation le 10 septembre 2025 constituent un véritable tournant pour les services RH. En s’alignant sur la jurisprudence européenne, la haute juridiction impose de nouvelles règles plus favorables aux salariés. Ces décisions impactent directement la gestion des congés payés et le calcul des heures supplémentaires.

Concernant les arrêts maladie pendant des congés

Un arrêt récent de la Cour de cassation (Cour de cassation, chambre sociale — 10 septembre 2025, pourvoi n° 23-22.732)(1) est venu renverser la jurisprudence actuelle, dans un objectif d’harmonisation avec la jurisprudence européenne.

Désormais, un arrêt maladie ne peut plus entraîner la perte de congés payés : les jours non pris doivent être reportés, même si le salarié tombe malade pendant ses vacances.

Concernant la prise en compte des congés dans le calcul des heures supplémentaires

Les congés sont désormais assimilés à du temps de travail effectif pour le calcul des heures supplémentaires depuis un autre arrêt de la Cour de cassation datant également du 10 septembre 2025 (Cour de cassation, chambre sociale — 10 septembre 2025, pourvoi n° 23-14.455).(2)

La haute juridiction a donc décidé de limiter la portée de l’article L.3121-28 du Code du travail, qui dispose que seules les heures de travail accomplies sont prises en compte pour le calcul des heures supplémentaires. Désormais, lorsqu’un salarié est soumis à un décompte hebdomadaire du temps de travail, ses périodes de congés payés doivent être assimilées à du temps de présence. Ce dernier peut donc prétendre au paiement des heures supplémentaires — y compris lorsque le salarié prend un ou plusieurs jours de congé durant la semaine — comme s’il avait accompli l’intégralité de sa semaine de travail.

Dans ce cas, le revirement de jurisprudence confirme sans détour la primauté donnée au droit européen par rapport aux dispositions de notre Code du travail.

Prévoir le report des congés en cas de maladie

Lorsqu’un salarié est en arrêt maladie pendant ses congés payés, les jours concernés ne peuvent plus être comptabilisés comme des jours de congés. La jurisprudence récente garantie ainsi au salarié le droit de récupérer ses congés à une date ultérieure.

Concrètement :

• les jours d’absence pour maladie ne comptent pas comme des congés consommés  ;
• le salarié peut reprogrammer ses jours non pris, selon les modalités prévues par l’entreprise ou la convention collective (pour rappel, l’usage veut que cela soit fait dans les 48 heures suivant le début de l’arrêt de travail)  ;
• aucun salarié ne peut perdre ses droits aux congés payés du seul fait d’un arrêt maladie — même en fin d’année ou en période de forte activité.

Bien évidemment, ces droits sont respectés dans la mesure où le salarié en arrêt maladie a transmis son certificat médical à son employeur en respectant les modalités prévues à cet effet.

Inclure les congés dans le calcul des heures supplémentaires

Ce changement jurisprudentiel récent impose désormais que les jours de congés soient considérés comme du temps de travail effectif dans le calcul du seuil de déclenchement des heures supplémentaires. Cela concerne principalement les salariés dont la durée de travail est décomptée à la semaine.

Concrètement :

• même si le salarié est partiellement en congé, les jours de repos sont assimilés à du temps de travail effectif pour déterminer le dépassement du seuil légal ou conventionnel d’heures supplémentaires  ;
• cela peut entraîner le paiement d’heures supplémentaires que l’entreprise aurait pu ne pas comptabiliser auparavant en se référant uniquement au nombre d’heures de travail effectivement accomplies sur une semaine.

Exemple concret  : Un salarié a posé 2 jours de congés pendant une semaine de 39 heures. Pour le calcul des heures supplémentaires, on considère que le salarié a travaillé la semaine complète (39 heures), sans prendre en compte ses 2 jours de congés. Les 4 heures supplémentaires sont donc soumises aux majorations de rémunération.

Mettre à jour les paramétrages du logiciel de paie

Les récents changements jurisprudentiels imposent aux services RH de revoir les paramétrages de leur logiciel de paie, afin d’intégrer ces nouvelles dispositions.

Les principaux points à contrôler sont :

• de reporter les jours de congés en cas d’arrêt maladie : le logiciel doit permettre de reporter automatiquement les jours non pris pour que le salarié puisse les récupérer ultérieurement  ;
• d’inclure les jours de congés dans le calcul des heures supplémentaires : pour les salariés au décompte hebdomadaire du temps de travail, les jours de congés doivent être assimilés à du temps de travail effectif, afin de déclencher les majorations de rémunération pour les heures supplémentaires.

Pour cela, les RH sont invités à faire le point sur les paramétrages existants (règles de calcul).

Bon à savoir  : Des tests préalables à la suite d’un nouveau paramétrage permettent de simuler différentes situations (arrêt maladie en période de congés, congés partiels sur une semaine, heures supplémentaires) pour détecter les anomalies avant le traitement réel.

Former les managers et responsables RH

La mise en conformité avec la nouvelle jurisprudence ne repose pas uniquement sur les ressources matérielles (ex. : mise à jour du logiciel de paie). Les équipes RH et les managers sur le terrain jouent un rôle clé pour informer les salariés de leurs droits, notamment au regard de ce double revirement jurisprudentiel. Une formation complète sur l’application de ces nouvelles dispositions permet d’éviter la désinformation et les litiges avec les salariés.

Dans ce cas, les principaux objectifs de la formation doivent être centrés sur :

• sensibiliser les salariés à ces nouveaux droits désormais reconnus par la haute juridiction  ;
• expliquer clairement la nouvelle procédure applicable pour reporter ses jours de congés en cas d’arrêt maladie ou vérifier le bon calcul de ses heures supplémentaires  ;
• anticiper les questions et les éventuelles contestations avec des réponses claires et précises, accompagnées de la mise en place d’une procédure interne permettant de consulter en toute transparence le nombre de jours de congés restants et le nombre d’heures supplémentaires comptabilisées.

Former ces acteurs clés permet ainsi de sécuriser la gestion des congés et des heures supplémentaires, afin de garantir le respect des droits des salariés et d’éviter tout contentieux.

Bon à savoir  : GERESO propose plusieurs formations gestion de la paie pour les entreprises souhaitant sécuriser ce poste sur lequel la moindre erreur peut entraîner de lourdes conséquences tant sur le plan financier que social.

Mettre à jour les procédures internes

Les procédures internes doivent être revues et formalisées par écrit à des fins de transparence vis-à-vis des salariés, des instances représentatives du personnel et — le cas échéant — de l’inspection du travail.

Pour cela, les responsables des ressources humaines (RRH) ainsi que les dirigeants sont invités à se concerter sur :

• la nouvelle procédure pour le traitement des arrêts maladie pendant les congés (ex. : le salarié informe son manager et le service RH de son arrêt maladie dès le début de celui-ci, en fournissant le certificat médical) 
• les modalités de report des congés non pris suite à un arrêt maladie (ex. : les congés reportés doivent être pris dans les 12 mois suivant l’année initiale, sauf dispositions plus favorables de la convention collective)  ;
• l’organisation du calendrier des congés pour garantir un suivi clair et éviter les conflits ou chevauchements (ex. : le salarié choisit ses nouvelles dates de congés avec validation du manager et du service RH, en fonction des besoins opérationnels).

Se préparer aux litiges potentiels

Avec les nouvelles règles sur le report des congés et le calcul des heures supplémentaires, certains salariés peuvent être amenés à contester rétroactivement leurs droits. Pour limiter les risques de contentieux, les entreprises doivent communiquer efficacement avec leurs salariés.

Pour cela, les bonnes pratiques à mettre en place sont de :

• documenter toutes les décisions prises concernant le calcul des jours de congés et des heures supplémentaires  ;
• centraliser les preuves des échanges avec les salariés (ex. : certificats médicaux, notifications d’arrêt maladie, validation des congés et bulletins de paie sur le CRM de l’entreprise)  ;
• mettre à jour les procédures internes pour que chaque situation soit traitée de manière cohérente et traçable.

La clarté et la transparence face à ces nouvelles dispositions réduisent ainsi le risque de litige et protègent l’entreprise en cas de contentieux devant le conseil de Prud’hommes.

Interpréter les conventions collectives au regard de cette nouvelle jurisprudence

Les conventions collectives peuvent contenir des dispositions plus favorables aux salariés que celles prévues par le Code du travail et la jurisprudence. Ce respect de la hiérarchie des normes en droit social n’est pas toujours simple à interpréter. Les services RH doivent donc systématiquement vérifier et comparer ces textes avant d’appliquer les règles internes.

Concrètement, les principaux points clés à vérifier sont :

• le report intégral des congés en cas d’arrêt maladie, même si cela contrevient aux dispositions légales ou conventionnelles  ;
• l’application ou non de majorations plus avantageuses ou de seuils de calcul différents concernant les heures supplémentaires  ;
• la possible application d’un accord d’entreprise plus favorable qui peut compléter ou renforcer la convention collective.

Pour rappel, le principe général en droit social sauf exception est le suivant : les RH doivent appliquer la disposition la plus favorable au salarié.

Assurer sa veille juridique

La jurisprudence et la législation du travail évoluent constamment, comme nous avons pu le constater avec le double revirement jurisprudentiel en septembre 2025. Pour éviter tout décalage entre les nouvelles dispositions législatives et jurisprudentielles, les RH doivent idéalement :

• suivre l’actualité juridique, en s’abonnant par exemple à des revues juridiques sur le droit social ou bien encore en créant des alertes sur différents sites juridiques selon des mots-clés précis  ;
• actualiser régulièrement les procédures internes et les paramétrages du logiciel de paie selon le droit applicable  ;
• informer les managers des changements notables pour garantir une application cohérente des nouvelles dispositions au sein de l’entreprise  ;
• partager en toute transparence les évolutions en droit social impactant directement ou indirectement les salariés au sein de l’entreprise (ex. : sur l’intranet ou un tableau d’affichage accessible à toutes et à tous).

En restant attentif aux évolutions du droit du travail et de sa jurisprudence, l’entreprise sécurise ainsi ses pratiques RH, protège ses salariés et réduit le risque de contentieux.

Références :

1. Cour de cassation Pourvoi n° 23-22.732. (2025, 10 septembre).
2. Cour de cassation Pourvoi n23-14.455 (2025, 10 septembre).

Audrey Roy

Rédactrice juriste, Audrey Roy a à cœur de vous proposer des articles aisément compréhensibles sur tous les aspects du droit des entreprises (droit du travail, droit fiscal, droit des sociétés, gestion des ressources humaines, etc.). Sa motivation ? Que chacun des lecteurs puisse avoir accès à des informations juridiques claires et actualisées.

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